Im Jahre 1464 wird Saustrup als „Saxtorppe“ erstmals erwähnt. Das heißt „Dorf des Saxi“, wobei mit Saxi sächsische Einwohner gemeint sein können oder das gleichnamige einseitige Schwert. Im Mittelalter werden einige befestigte Hofanlagen im heutigen Gemeindegebiet erwähnt, z. B. um 1400 der Hof Timmerholm nördlich vom Dorf Saustrup, der nicht mehr existiert. Ebenfalls belegt ist der mittelalterliche Meierhof Monkhowswisch, der gehörte vermutlich zum Kloster Mohrkirchen. Er lag auf einer natürlichen Kuppe in einem Talkessel am Zusammenfluss der Saustruper Au mit der ehem. Hagenbek.
Der Gutshof Flarupgaard ist der Nachfolger eines bereits im 14. Jahrhundert bekannten Hofes. Die Gemeinde Saustrup wird nach wie vor durch große landwirtschaftliche Betriebe geprägt. Auf einer Gemeindefläche von 814 ha wohnen nur ca. 200 Menschen. Im Dorf Saustrup wohnt nur etwa 1/4 der Bevölkerung. Die übrigen Bewohner verteilen sich auf die Ortsteile Schwanholm, Rurup, Flarup und Bünderies. Dazwischen liegen große landwirtschaftliche und forstwirtschaftliche Nutzflächen. Der Waldanteil ist mit 130 ha Neuaufforstungsfläche in den 90er-Jahren erheblich gestiegen.
Die Einwohner der kleinen Gemeinde Saustrup arbeiten im Vereinsleben und im schulischen Bereich eng mit den umliegenden Gemeinden zusammen. Die Kinder gehen überwiegend in den Kindergarten von Scheggerott und in die Grundschule in Süderbrarup. Die Freiwillige Feuerwehr in Saustrup trägt viel zum gemeindlichen Leben bei und ist für eine Wehr einer so kleinen Gemeinde gut ausgestattet. 2004 hat sie ein neues Löschfahrzeug erhalten.
